دادگاه فدرال سوئیس ماه سپتامبر سال 2016 رسیدگی به پرونده فساد در پروسه اعطای میزبانی جام جهانی 2006 به ژرمن‌ها را آغاز کرد که بکن باوئر و سه تن دیگر از مقامات ارشد فوتبال آلمان جزو متهمان این پرونده هستند و گفته می‌شود که آنها به کلاهبرداری، سوءمدیریت،‌ پولشویی و سوءاستفاده از پست خود متهم هستند.

طبق اعلام دادگاه فدرال سوئیس بکن باوئر 71 ساله در شهر برن مورد بازجویی قرار گرفته است، کسی که پیش از این به ارتکاب برخی اشتباهات اعتراف کرده، اما می‌گوید که مرتکب هیچ گونه تخلفی نشده است.